Het bestuur van Stichting DebatUnie bestaat uit vrijwilligers en bepaalt het beleid van de organisatie. De bestuursleden zijn het gezicht van de organisatie, stellen doelen vast en zijn verantwoordelijk voor het opstellen van beleidsplannen en jaarverslagen. De uitvoer van de bestuursbesluiten is ondergebracht bij DebatUnie VOF. Het bestuur is per mail bereikbaar via Bestuur@DebatUnie.nl.
De Raad van Toezicht controleert het bestuur en voorziet het bestuur van gevraagd en ongevraagd advies. De Raad van Toezicht is per mail bereikbaar via RvT@DebatUnie.nl.